為了救神谷薰（武井咲 飾），緋村劍心（佐藤健 飾）縱身躍入大海，昏迷中他飄到某座小島，最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治 飾）所救。深感到自身與志志雄真實(shí)（藤原龍也 飾）的巨大差距，為了拯救全日本，劍心懇請(qǐng)師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義。與此同時(shí)，志志雄劍指東京，邁出武力奪國(guó)的下一步。他強(qiáng)迫伊藤博文（小澤征悅 飾）對(duì)劊子手拔刀齋發(fā)布全國(guó)通緝令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 飾）則匆匆向東京趕去。再度上路的劍心率先遭到御庭番眾的首領(lǐng)四乃森蒼紫（伊勢(shì)谷友介 飾）的阻擊，他一路披荊斬棘，將迎來(lái)與宿命的對(duì)手志志雄最終的對(duì)決……